凤凰山遗址为一台形士墩，高出周围地面4—5米，东南至西北约350米，东北至西南约250米，近似椭圆形，面积8.8万平方米。遗址表面是耕土，其下文化层一般2.2米，叠压的文化层共有8层，其中第八层是新石器时代马家浜文化层。凤凰山遗址1988年在老312国道建设勘察中被发现。1989年7月，南京、镇江、丹阳三地的考古专家联合对这里进行了考古发掘。当时出土了腰沿釜、鸭足鼎、鸡冠耳盆、素面鬲等300多件文物，它们属于新石器时代马家浜晚期文化，距今已有6000年的历史。

2001年4— 5月，镇江市博物馆主持再次对凤凰山遗址东南边缘区域进行了第二次抢救性考古发掘。发掘出了商周时期的墓葬、灰坑、沟、塘等遗迹多处以及大量属于湖熟文化的器物和遗存。

2010年6—8月，老312国道成为241省道进行拓宽改造，再次途经凤凰山遗址。镇江市博物馆组织考古队对拓宽路段进行全面挖掘清理，共出土新石器、商周时期的可修复陶器、石器100多件，还发现了大量汉代以来各个时期的文化遗存，为凤凰山遗址再次增添了新的内涵。